Lewis Hamilton le arrebató en el último instante el primer puesto de la formación de salida, después de que estuviera a punto de quedar eliminado en la primera serie, por los numerosos errores que ha cometido. A falta de un minuto Hamilton estaba eliminado, porque alternaba los mejores tiempos parciales con los peores y tan sólo al final logró salvarse de la quema. En la tercera y definitiva parte de la sesión de clasificación Fernando Alonso marcó rápidamente el mejor tiempo y lo mantuvo casi hasta el final. Cambió al final los neumáticos, siempre para pista húmeda, mejoró su tiempo, pero no lo suficiente, ya que en su última vuelta Hamilton lo batía por tan sólo 70 milésimas de segundo.
Detrás de los dos McLaren saldrán los dos Ferrari con Raikkonen y Felipe Massa, que a priori no representan una amenaza para los dos primeros clasificados del mundial. Con las condiciones difíciles de pista los buenos pilotos brillan y hoy lo ha hecho el alemán Sebastian Vettel que ha situado su Toro Rosso-Ferrari en séptima posición, la mejor que consigue la escudería, que habitualmente cae en la primera eliminatoria. El porvenir de Ralf Schumacher es cada vez mas negro dentro del seno de la escudería Toyota, propietaria del circuito de Fuji, hoy superó a duras penas la primera eliminatoria, pero no pudo participar en la segunda al llevarse por delante al Spyker-Ferrari de su compatriota Adrián Sutil.